Dwie najlepsze drużyny z każdej z grup awansują do ćwierćfinałów
Drużyny, które zajmą dwa ostatnie miejsca otrzymują status drużyny spadkowej i nie mogą uczestniczyć w rozgrywkach Centralnej Ligi Juniorów w kolejnym sezonie
W miejsce drużyn o statusie spadkowicza, odpowiednie wojewódzkie związki piłki nożnej desygnują drużyny do udziału w Centralnej Lidze Juniorów
W przypadku gdy trzy drużyny z danego województwa zajmą miejsca 1-10 w CLJ, to najniżej notowana drużyna w CLJ rozegra z mistrzem WLJ mecz barażowy o udział w CLJ
W przypadku gdy z CLJ spadanie jedna drużyna z danego województwa, to awans do CLJ uzyskuje mistrz WLJ, natomiast w przypadku gdy z CLJ spadną dwie drużyny z danego województwa, to awans do CLJ uzyskuje także wicemistrz WLJ
AP Szczecinek zrezygnowała z udziału w CLJ, zastąpiła ją Akademia Pogoni Szczecin
wyniki spotkań - Centralna Liga Juniorów gr. II 2013/2014